新生儿碘缺乏的危害主要是引起先天性甲状腺机能低下症（先甲低）检出率的升高。在碘营养正常的发达国家先甲低检出率一般为1/3500-1/5000，这部分属于散发性的。而在碘缺乏的发展中国家，其检出率可高达5-10%，也就是说增加了200-500倍。先甲低检出率增高的原因是碘缺乏所致，如不能早期诊断和治疗将同样导致患儿终生智力残疾。妊娠期补碘可以使过高的先甲低检出率下降到正常。先甲低的筛查可以用于评估干预措施的效果。此外，碘缺乏严重地区，还可见到新生儿甲状腺肿。